El asesinato de Monseñor Óscar Arnulfo Romero, después de haberle exigido a Estados Unidos retirar su apoyo militar al régimen salvadoreño y ordenar a la misma Junta el cese de la represión. El mayor Roberto D’Aubuisson fue posteriormente imputado como organizador del crimen, pese a que nunca se le llevó a juicio.
El FMLN lanzó una ofensiva general la cual no tuvo éxito en la toma del poder, pero fue la acción de la guerra civil propiamente dicha. En mayo el mayor D’Aubuisson es capturado (y luego liberado) por intentar organizar un golpe de Estado contra Duarte.
En muchas ocasiones el ejército de ambos bandos reclutaban y amenazaban a las personas para reclutarlas el ejército, sin excepciones, niños, mujeres, jóvenes, etc. Todo el que tuviera la capacidad de ser un soldado potencial debía servir con o contra el gobierno de ese momento.
Las Fuerzas Armadas también se involucraron directamente en la represión indiscriminada, siendo el más notorio de estos incidentes la denominada Masacre de El Mozote en 1981. Durante una incursión del Batallón Atlacatl a esta localidad del departamento de Morazán fueron asesinados varios cientos de civiles.
